Penentuan Sekuens Terbaik untuk Gen COI pada Crocodylus rhombifer Menggunakan SoftWare Perlprimer dan  Primer Blast Sebagai Bentuk Praktikum Saat Pandemi Covid-19

Nurizza Salsabila; Fadilah Fadilah; Reynaldi Candro Pramana; Safira Mutiatul K.A.; Ahmad Alfin Romzalis; Dwi Nova Ramadhani; Yuanita Rachmawati; Okta Fina Arianti

doi:10.15642/ijsl.v2i1.1233

Authors

Nurizza Salsabila UIN Sunan Ampel Surabaya
Fadilah Fadilah UIN Sunan Ampel Surabaya
Reynaldi Candro Pramana UIN Sunan Ampel Surabaya
Safira Mutiatul K.A. UIN Sunan Ampel Surabaya
Ahmad Alfin Romzalis UIN Sunan Ampel Surabaya
Dwi Nova Ramadhani UIN Sunan Ampel Surabaya
Yuanita Rachmawati UIN Sunan Ampel Surabaya
Okta Fina Arianti UIN Sunan Ampel Surabaya

DOI:

https://doi.org/10.15642/ijsl.v2i1.1233

Keywords:

Primer, PCR, Perlprimer, Primer Blast NCBI

Abstract

Pandemi Covid-19 telah dirasakan di sektor pendidikan sehingga harus dilaksanakan program pembelajaran secara daring. Hal ini tentunya menjadi sangat tidak mudah untuk dilakukan, khususnya para mahasiswa dituntut untuk tetap melakukan praktikum selama Pandemi Covid-19 demi terlaksananya tujuan pembelajaran. Praktikum merupakan salah satu kegiatan yang sangat penting, mengingat praktikum dapat menunjang pemahaman para mahasiswa terhadap materi yang telah disampaikan. Dalam kondisi seperti ini, mata kuliah Biologi Molekular mengadakan praktikum secara daring yang dapat dikerjakan oleh mahasiswa berupa desain primer. Primer merupakan oligonukleotida atau polimer nukleotida pendek berupa DNA atau RNA yang sangat penting pada proses PCR (Polymerase Chain Reaction). Langkah awal dari berhasilnya sekuensing DNA suatu gen adalah desain primer yang baik. Gen yang digunakan yakni gen COI Crocodylus rhombifer dan DNA targetnya yakni buaya kuba (Crocodylus rhombifer). Rujukan untuk menentukan desain primer juga perlu pada suatu penelitian terutama bio molekuler. Aplikasi yang digunakan sebagai penentuan primer dan informasi bio molakuler untuk mengetahui data gen yakni Perl primer dan NCBI. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan software yang digunakan sebagai rujukan desain primer suatu gen. Hasil amplifikasi yang didapatkan yakni bp dari perl primer yakni 20 bp dari 11 forward dan untuk primer blast NCBI juga mendapatkan 20 bp dari 10 forward.

References

Ali, A. (2017). Analisis pelaksanaan praktikum anatomi fisiologi tumbuhan jurusan pendidikan biologi semester genap tahun akademik 2016/2017. Jurnal Biotek, 5(1), 144-154.

Anggereini, E. (2008). Random Aplified Polymorphic DNA (RAPD), Sutau Mdel Analisis DNA Dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena Biologi. Biospecies. 1(2), 73-76.

Anika M., Putri, D. H., & Wahyuni, W. (2019). Primer Design For Identification Of Beta-Carotene Encoding Genes In Cassava. Serambi Biologi. 4(1), 39-47

Borah, P. (2011). Primer Designing For Pcr. Science Vision, 11(3), 134-136.

Maitriani, L. K. B., Wirajana, I. N., & Yowani, S. C. (2016). Desain Primer Untuk Amplifikasi Fragmen Gen Inha Isolat 134 Multidrug Resistance Tuberculosis (Mdr-Tb) dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Cakra Kimia (Indonesian E-Journal Of Applied Chemistry), 3(3), 89-95.

Maksum, I. P., Athiyah, F., Saadah, D. R., & Yohanis, N. (2013). Making of the A3243g Mutant Template Through Site Directed Mutagenesis as Positive Control in PASA-Msmatch Three Bases. International Journal of Pharm Tech Research, 5(2), 441-450.

Saraswati, H., Seprianto, S., & Wahyuni, F. D. (2019). Desain Primer Secara In Silico Untuk Amplifikasi Gen Cryiii Dari Bacillus Thuringiensis Isolat Lokal. Indonesian Journal of Biotechnology And Biodiversity, 3(1), 33-38.

Sasmitha, L. V., Yustiantara, P. S., & Yowani, S. C. (2018). Desain Dna Primer Secara In Silico Sebagai Pendeteksi Mutasi Gen Gyra Mycrobacterium Tuberculosis Untuk Metode Polymerase Chain Reaction. Cakra Kimia (Indonesian E-Journal Of Applied Chemistry), 6(1), 63-69.

Sasmito, D. E. K., Rahadian, K., & Muhimmah, I. (2014). Karakteristtik Primer Pada Polymerase Chain Reaction (PCR) Sekuensing DNA: Mini Review. Seminar Nasional Informatika Medis (SNMed), 1(5), 93-102.

Utami, D. K., Wisnu, A. K., & Agus, B. (2014). Klasifikasi Metagenom dengan Metode Nave Bayes Classifier Metagenome Classification Using Nave Bayes Classifer Method. Jurnal Ilmu Komputer Agri-Informatika, 3(1), 9-18.

Wahyudi, I. A. (2015). Resensi Biologi Molekular adalah Ilmu Yang Menyenangkan dan Mudah. Jurnal Teknosains. 4(2), 101-198.

Widiatri, W. (2017). Rancang Bangun Website Sistem Informasi Praktikum Jurusan Teknik Informatika Univeritas Palangka Raya. Jurnal Saintekom, 6(2), 12-24.

Yusuf, Z. K. (2010). Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek, 5(6), 1-6.