Penentuan Sekuens Terbaik untuk Gen COI pada Crocodylus rhombifer Menggunakan SoftWare Perlprimer dan Primer Blast Sebagai Bentuk Praktikum Saat Pandemi Covid-19

Authors

  • Nurizza Salsabila UIN Sunan Ampel Surabaya
  • Fadilah Fadilah UIN Sunan Ampel Surabaya
  • Reynaldi Candro Pramana UIN Sunan Ampel Surabaya
  • Safira Mutiatul K.A. UIN Sunan Ampel Surabaya
  • Ahmad Alfin Romzalis UIN Sunan Ampel Surabaya
  • Dwi Nova Ramadhani UIN Sunan Ampel Surabaya
  • Yuanita Rachmawati UIN Sunan Ampel Surabaya
  • Okta Fina Arianti UIN Sunan Ampel Surabaya

DOI:

https://doi.org/10.15642/ijsl.v2i1.1233

Keywords:

Primer, PCR, Perlprimer, Primer Blast NCBI

Abstract

Pandemi Covid-19 telah dirasakan di  sektor pendidikan sehingga harus dilaksanakan program pembelajaran secara daring. Hal ini tentunya   menjadi sangat tidak mudah untuk   dilakukan, khususnya para mahasiswa dituntut untuk tetap melakukan praktikum selama Pandemi Covid-19  demi terlaksananya tujuan pembelajaran. Praktikum merupakan salah satu kegiatan yang sangat  penting, mengingat praktikum dapat   menunjang pemahaman para mahasiswa terhadap materi yang telah disampaikan. Dalam kondisi seperti ini, mata kuliah Biologi Molekular mengadakan praktikum secara daring yang dapat dikerjakan oleh mahasiswa berupa desain primer. Primer merupakan oligonukleotida atau polimer nukleotida pendek berupa DNA atau RNA yang sangat penting pada proses PCR (Polymerase Chain Reaction). Langkah awal dari berhasilnya sekuensing DNA suatu gen adalah desain primer yang baik. Gen yang digunakan yakni gen COI Crocodylus rhombifer dan DNA targetnya yakni buaya kuba (Crocodylus rhombifer). Rujukan untuk menentukan desain primer juga perlu pada suatu penelitian terutama bio molekuler. Aplikasi yang digunakan sebagai penentuan primer dan informasi bio molakuler untuk mengetahui data gen yakni Perl primer dan NCBI. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan software yang digunakan sebagai rujukan desain primer suatu gen. Hasil amplifikasi yang didapatkan yakni  bp dari perl primer yakni 20 bp dari 11 forward dan untuk primer blast NCBI juga mendapatkan 20 bp dari 10 forward.

Downloads

Published

2021-06-30

How to Cite

Salsabila, N., Fadilah, F., Pramana, R. C., Mutiatul K.A., S., Romzalis, A. A., Ramadhani, D. N., Rachmawati, Y., & Arianti, O. F. (2021). Penentuan Sekuens Terbaik untuk Gen COI pada Crocodylus rhombifer Menggunakan SoftWare Perlprimer dan Primer Blast Sebagai Bentuk Praktikum Saat Pandemi Covid-19. Indonesian Journal of Science Learning, 2(1), 15–21. https://doi.org/10.15642/ijsl.v2i1.1233

Issue

Section

Articles

Most read articles by the same author(s)